出版物にかかる複写権の保護のため、著作物の公正な利用を図り、あわせて著作権思想の普及に努め、もって出版文化の発展および普及に寄与する目的で、著作物の複製等の利用に関する許諾および管理の受託、代行および仲介の事業を行う。これに関連して利用許諾料の徴収および分配を代行する。

具体的には、出版者著作権協議会（旧・出著協）が行っていた、下記の3項目。

1. 出版者（社）から委託出版物のリストを預かり、これを日本複写権センター（JRRC）に再委託。
2. JRRCから分配される複写権使用料をJCOPYを構成する出版者7団体、ならびに別途定めた学会・研究会に再分配。
3. JRRCの構成員としての同センターの運営への参加。

これに加えて2009年7月1日からは、下記の1項目。

4. 従来、株式会社日本著作出版権管理システム（JCLS）が行っていた著作権等管理業務のうち個別許諾方式業務、報告許諾方式業務ならびに一任型包括許諾方式業務。

JCOPY管理著作物とJRRC管理著作物の扱いの違いについては「JCOPY受託の著作物」の頁をご覧ください。